1) В конфигурациях 1С есть справочники "Виды/Типы цен", в которых кроме названия (закупочная, оптовая, розница, для VIP, эксклюзив) и правил расчета задается еще и валюта. Т.е. по одному типу цены невозможно указывать и евро и рубли одновременно - указывается только цифра, которая далее как-то интерпретируется.
2) В обменах с сайтами обычно указывается тип цен для сайта и только цены по указанному типу выгружаются.
Вот у вас и получилось, что цены в рублях по настроенному для обмена типу цены выгружаются. А по левому "евровому" ценообразованию - нет.