Была описанная в вопросе проблема. Детально описал настройки астера и микротиков в цетральном и удаленных офисах у себя на странице _blog.erofeevonline.ru
Если коротко, то суть такова:
1. Правильно создаем клиентов (local и remote address)
2. Прописываем маршруты на удаленных микротиках
3. На центральном отрубаем Sip helper
4. Смотрим в настройки удаленного роутера IP-->Firewall--NAT нет ли там маскарада в сторону центрального. Если есть, то это и будет проблемным местом. Значит удаленный роутер подменяет адрес клиента своим внешним.