Я на email выслал кое-какие материалы которые помогут разобраться. Надеюсь они вам помогут. Что по поводу этого вопроса - то в initialize еще нету сцены собственно, так как приложение еще не прорисовалось. По сути в контроллере можно сделать метод. А там где вы вызываете FXMLLoader - из полученного node ( в вашем случае это переменная pane) - можно получить контроллер. и вызвать из него этот метод. Это означает что мы вызовем метод уже после инициализации, и ошибки не будет.
Alex: Моя ошибка была в том, что я искал "программно перемещать полосу прокрутки". На самом деле, правильно сформированный вопрос - это уже большая половина ответа ( очень редко когда нужно копаться в UI, поэтому пока что тяжело правильно выражать свои мысли, но я буду совершенствоваться).
Гуглится за 2 секунды, у тех кто знает как сформулировать. Поэтому я и обратился за помощью ( обратите внимание написал не сделайте за меня, а в какую сторону смотреть)
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.
