Monnoroch

В стандартной библиотеке нет работы с сетью. Сеть -- это всегда платформозависимый код. Либо буст, Poco, или еще что на выбор.

Мне кажется, с таким подходом вы все равно словите полсотни разных UB, так что в любом случае не советую так делать, а советую писать обертки. А автор кода очень странный. Мало того, что auto_ptr уже давно deprecated, так еще и наследоваться от него — это явно стремно. Резюмируя, тут автор что угодно мог подразумевать, от синтаксического сахара, до каких-то правил использования, и мне кажется, кроме как спросить его, нет способа понять.

Вот это:

out << reinterpret_cast<char*>(binary);

Записывает в поток указатель на char*. Не массив. Указатель.
Чтобы записывало массив, надо в цикле выводить элементы.
Не уверен, но может можно так:

out << std::string(reinterpret_cast<char*>(binary));

Для разных версий ОС и разной архитектуры машины все равно придется распространять разные дистрибутивы.
Так что остаются только разные версии eclipse и octave. Тут можно просто собрать все варианты и запихнуть в инсталлятор, а при установке детектировать (или спрашивать) необходимые версии ПО и соответственно устанавливать ту, которая подойдет.

Ничто не защитит от ручной декомпиляции, специалист все равно разберется. Для автоматической же C++ существенно лучше в этом плане — бинарник почти не хранит метаинформации о коде, соответственно и разобрать программе его сложнее.

Вероятнее всего компилятор просто проинлайнил все что можно, и код таким образом получился толще.