О, у меня было похожее, только с Гуглом. Купил свежий домен, а на нем, оказывается, до меня уже какая-то активность была не очень хорошая. Я даже не заметил сначала, пока в поиске не забанили. Написал в Гугл через их форму для вебмастеров, мол, ребят, я тут новый владелец, все чисто, и в тот же день сняли блокировку. А Эппл да, они вообще молчок, у меня с ними такого не было, но слышал что туда заявку шлешь и как в черную дыру.

По твоей ситуации, мне кажется, у Эппл действительно своя тусовка помимо Гугла. Либо они какие-то старые репутационные базы тащат, либо у них локальный алгоритм на айфонах бесится. И то что флаг прилетает не сразу, а через пару недель — это вообще жесть. Значит, они типа "наблюдают" за новым доменом, и если видят какую-то свою эвристику (может, мало ссылок, может структура страницы или свежесть регистрации), то вносят в черный список.

С .ru доменами у них реально паранойя может быть, сами знаете. Workaround? Я бы попробовал поднять копию сайта на домене .com или .net, если контент позволяет, и посмотреть, прилетит ли флаг через 10 дней. Если нет — то дело точно в региональной предвзятости. А так... может, у кого из знакомых есть старый, "прогретый" .ru домен, можно на него переехать на время. Или просто забить и объяснять пользователям, что это ошибка, но это так себе вариант. Бороться с Эппл вслепую — то еще удовольствие.