Можно, Windows пересоздаст домашнюю директорию пользователя при следующем входе, если её не будет существовать в C:\Users\
Сами пользователи (логин-пароль-доступ) хранятся в системном реестре, удаление домашних директорий на них не повлияет никак (кроме потери всех настроек и личных данных, принадлежащих конкретному пользователю)
