Чет я не понял про php за пределами public_html. Думаю, имелся в виду интерпретатор, а не исполняемые файлы. В самом веб-проекте логику и структуру вы задаете сами, и все лежит вперемешку (хотя обычно под css- и js-файлы создают отдельные папки), и никаких проблем это не вызывает. Мне кажется, вы слишком заморачиваетесь, при этом мало практикуясь )