Пофайловвй бэкап нужен для восстановления при дизастере? Нет, такой бэкап не подойдет.
Если нужно восстановить как было (прям всё) - тогда проще делать снимок lvm и его отправлять на сервер бэкапов. Потом с этого же снимка можно раскатать все.
Но все же, докер директории я бы не бэкапил, а этом же прелесть докера - взял и развернул где угодно тоже самое приложение. Если в контейнер смонтированы директории с какими-то файлами - бэкапить эти директории. Если это база в докере - бэкапить средствами базы.