Александр

У вас в таблице (модели "App\Entity\ShiftBreak"), нет поля breaks, соответственно вы не можете его указать в select запросе.

Чтобы получить данные из 2-х или более таблиц, нужно использовать JOIN:

$this->createQueryBuilder('s')
            ->select([
                's.created',
                's.name',
                'b.id'
            ])
            ->join('s.breaks', 'b')
            ->getQuery();

Есть ссылка на доку?

https://symfony.com/blog/new-in-symfony-2-6-smarte...

bin/console assets:install --symlink выполняется при composer update/install, в купе с чисткой кэша.

Если ты делаешь просто MappedSuperclass - то тебе не нужен DiscriminatorColumn, он нужен для других целей

На вскидку могу предположить, что проблема в сущности Role, у тебя в $user стоит аннотация Id. Это значит, что у тебя для каждой записи должен быть уникальный user_id. Так что даже не могу предположить, как ты 2 роли для 1 пользователя умудрился назначить, если тебе это база не должна повалять.