try:
shutil.move('path/test/file.txt', 'path/system/file.txt' )...
except shutil.Error:
os.remove('path/system/file.txt')
shutil.move('path/test/file.txt', 'path/system/file.txt' )...каталог у вас может быть совсем иным, а путь вы указали относительный. укажите полный путь к каталогу. так же вы не сможете удалить директорию, если она является текущей для какого-нибудь процесса.
Но возможно.... В самих скриптах поставить некоторые условия по типу if, при которых будет срабатывать numba