Сергей Мимихин

Настоятельно рекомендую хэшировать имена файлов и разбивать файлы по папкам.
md5, sha1, sha512 - выбирайте сами.
А папки, такой пример:

filename = 7c4f149052dcb80f4c858ca9fa9c162b2a3215d0051a2aeb82d26803481c94365ff8d3b0b23a9af752392bae62e0142791453013d459e9cfa607e39d63c17d3c.jpg
dirname = /uploads/docs/7c/4f/14/7c4f149052dcb80f4c858ca9fa9c162b2a3215d0051a2aeb82d26803481c94365ff8d3b0b23a9af752392bae62e0142791453013d459e9cfa607e39d63c17d3c.jpg