Mikelo

С чем это может быть связано?

C особенностью работы поисковика.
Ошибочно считать что позиция вашей страницы в выдаче по какому-то это какой-то рейтинг, который где-то там хранится, и который нужно изменять.
Просто поисковик каждый раз ранжирует страницы по определенному алгоритму известному только самому поисковику.
Изменились какие-то данные используемые алгоритмом - изменился рейтинг вашей страницы по запросу.

Надо было продумать с самого начала и закрыть потенциальную дыру. А сейчас чтобы не было 404 сделайте редирект на главную или забейте, 404 не так смертелен как кажется, но лучше сделайте редиректор вместо 404. У нас на одном из проектов похожая ситуация с новостями с меняются УРЛ в зависимости от раздела и иногда правятся slug’и для новостей и куча 404, просто настроили редиректы со старых на новые, а там где вообще нет (битые ссылки вот как у Вас со стороних ресурсов), то поставили редирект на главную раздела, Гугл доволен пока что

что лучше предпринять?

ничего

есть дублирующийся контент

на всех сайтах есть такой контент. если вся страница из него состоит и нет уникального - это плохо. В другом случае это норма.