Аналогичная проблема, только вместо монитора подключен проектор по HDMI, монитор же которым пользуюсь подключен по VGA. В gnome-shell можно сделать монитор Primary, а проектор Secondary, но на экран входа это не действует. Кстати проблема сугубо Linux, т к на работе на Windows я тоже сделал рокеровку мониторов, но там эта рокеровка также отразилась на экране входа в систему. Предлагаю накатать баг репорт в upstream. Единственное не знаю к кому обратиться в разработчикам экрана входа или к разработчикам gnome-control-center т к через него произвожу настройку мониторов. Может кто подскажет к кому лучше обратиться.
