Если вам нужно прям заново вызывать модуль, то сперва вам нужно удалить его из объекта modules в стандартной библиотке sys, а затем заново вызвать импорт. Либо можете использовать функцию reload из модуля importlib.
Во всех остальных случаях, лучше просто объявить функцию в модуле, которую вам необходимо вызывать.

Библиотека содержит в себе модули для работы с чем-либо. Модуль - это просто файл в котором содержится дополнительный код.

Использовать timeout, для ограничения времени запроса. Но в вашем случае, видимо не хватает User-Agent хеадера, с ним все работает.

import requests as r
res = r.get('http://msudrf.ru', timeout=10, headers={'User-Agent': 'some cool user-agent'})

Можешь попробовать нечто вроде этого:

elms = [[], []]
for _ in range(elms.count([])):
    elms.remove([])

С компиляцией питоновского кода в exe файл могут помочь утилиты: pyinstaller, cx_freeze, py2exe, py2app, или же тык

Каждая из утилит имеет свои плюсы и минусы. Например, в pyinstaller можно скомпилировать весь код в один файл и весить он будет намного больше. В cx_freeze же нужно тащить с собой папку необходимых библиотек, помимо ехешника, но сама папка, включая исполняющий файл, весят в разы меньше.