В группе компаний, где я работаю смысл в работе нескольких организаций сугубо утилитарный. На одной организации договор концессии (а это не дает работать с конкурирующими продуктами), другая заточена под упрощенку, под третьей деятельность другого направления и так далее. При наличие адекватного бухгалтера нет особой разницы что и как сдавать при условии разумного разграничения сфер деятельности.