По другому сделать надо, вынесите input за обертку с трансформацией, т.к трансформация наклоняет весь элемент с его содержимым.
Рабочий пример:
.search__input__wrap
{
position: relative;
}
.search-wrapper-skew
{
width: 158px;
height: 21px;
transform: skew(45deg);
background: #fff;
}
.search__input__wrap input
{
border: 0;
width: 135px;
height: 21px;
position: absolute;
top: 0;
left: 11px;
}
<div class="search__input__wrap">
<div class="search-wrapper-skew"></div>
<input placeholder="поиск по сайту">
</div>
Ну пример ясен, там сделаете более красивее, как вам надо, ну чтоб текст не прилипал к скосам и т.д :)