Merzley

Перенесите session_start() в начало файла. Дело в том, что до вызова session_start() переменной $_SESSION вообще не существует. Поэтому выполнение функции save_file() всегда выглядит так:

• Пустая ли переменная $_SESSION['files'] - всегда да, т.к. переменной $_SESSION не существует
  
• запускаем сессию - появляется переменная $_SESSION, в которой есть элемент ['files'], хранящий данные из прошлого запроса
  
• очищаем элемент ['files'] - стирается всё, что приходило в прошлых запросах
  
• помещаем туда данные текущего запроса
  

При последующих запросах всё повторяется, поэтому и получается, что в сессии только одна запись сохраняется

//находим инпут
let domInput = document.querySelector('селектор-который-найдет-нужный-инпут');
//получаем строку, записанную в инпут
let strInputText = domInput.value;
//разбиваем строку на слова
let arWords = strInputText.split(' ');

//Сейчас в массиве arWords каждый элемент - отдельное слово из тех, что были в инпуте

arWords.forEach(function (word) {
    alert(word);
})

$('.main').each(function(){
    alert($(this).find('.div').length);
})

У вас 2 раза создается объект "карта". В строке 149 (var mapOptions = ...) на самом деле создается объект не с опциями карты, а полностью готовая карта. Второй вызов new google.maps.Map(), да еще и с неадекватными опциями, как раз всё ломает.
Исправленное будет выглядеть так:

// store map locations list wrapper.
    var mapLocationsEl = $('.map-locations');

    // create a map object, and include the MapTypeId to add to the map type control.
    var map = new google.maps.Map(document.getElementById('map'), {
      center: {
        lat: 56.3010164,
        lng: 43.9399994
      },
      streetViewControl: 0,
      gestureHandling: 'cooperative',
      zoom: 12
    });

    // associate the styled map with the MapTypeId and set it to display.
    map.mapTypes.set('map_style', styledMap);
    map.setMapTypeId('map_style');

Radio-инпуты проверяются на "включенность" свойством "checked" DOM-элемента.

Если совсем просто, придерживаясь текущей манере написания JS, функцию validateForm() дописываем до

function validateForm() {
        // This function deals with validation of the form fields
        var x, y, i, valid = true;
        x = document.getElementsByClassName("tab");
        y = x[currentTab].getElementsByTagName("input");
//         A loop that checks every input field in the current tab:
        for (i = 0; i < y.length; i++) {
//             If a field is empty...
            if (y[i].value == "") {
                // add an "invalid" class to the field:
                y[i].className += " invalid";
                // and set the current valid status to false
                valid = false;
            }
        }

        y = x[currentTab].querySelectorAll('input[type="radio"]');
        if (y.length > 0) {
            var checked = false;
            for (i = 0; i < y.length; i++) {
                if (y[i].checked) {
                    checked = true;
                    break;
                }
            }
            if (!checked) {
                /*
                    здесь добавть код, который применит
                    класс "invalid" для контейнера с radio-элементами
                 */
                valid = false;
            }
        }

        // If the valid status is true, mark the step as finished and valid:
        if (valid) {
            document.getElementsByClassName("step")[currentTab].className += " finish";
        }
        return valid; // return the valid status
    }

Единственное, надо учитывать, что radio-инпуты группируются по полю "name". В данном случае это обрабатывать не надо. Но если на одной вкладке окажется несколько групп radio-инпутов, то и проверять на "включенность" надо будет каждую группу отдельно.