Melkij

Если машинки одной архитектуры (например, все i686, или даже x86_64) - будет работать.
Могут быть развлечения именно с железом вроде "тут у нас интеграшка интел, там amd, а тут nvidia, а на тех машинках вовсе дискретки - так какие драйвера всё-таки ставить?" или "упс, эта сетевушка ядром не поддерживается"

Если хотите удобства не только первичной установки, но и жизни после - то для установки софта и не дефолтных настроек возьмите (упомянуты в алфавитном порядке) ansible, chef, puppet, salt.
Базовую систему при этом - опять же клонированием как более простой путь или установщик дистрибьютива по PXE с preseed для автоматической раскатки на железку.

GPT занимает 33 сектора в начале и конце диска.
MBR - 63 только в начале.

О том и предупреждение, что если у вас диск размечен до последнего LBA - то резервный GPT писать некуда. Там уже могут быть ваши данные записаны.
Разделы можете размечать как угодно, лишь бы в начале и конце LBA-адресации было хотя бы по 33 сектора неразмеченных. Лучше 40 секторов - выравнивание по 4кб смещению весьма полезно и для SSD и для большинства современных HDD.

Пример моего parted /dev/sdc unit s p:

Model: ATA WDC WD20EARS-00M (scsi)
Disk /dev/sdc: 3907029168s
Sector size (logical/physical): 512B/512B
Partition Table: gpt
Disk Flags:

Number Start End Size File system Name Flags
1 40s 295s 256s boot_grub bios_grub
2 296s 260231s 259936s boot boot, esp
3 260232s 27295879s 27035648s ext4 r10perf raid
4 27295880s 3907029127s 3879733248s r5stor raid

Первый раздел начинается с сектора 40, там начало GPT
Весь диск - 3907029168 секторов, последний сектор раздела - 3907029127, т.е. я оставил 40 секторов в конце диска для размещения резервной копии GPT.

Засуньте их в программный свич. Старый brctl или современный openvswitch. В простом случае без разницы.

Если у пакета B в рекомендуемых зависимостях указан пакет A - то apt-mark
Если не указан - то apt-mark поможет, но ближайший autoremove предложит этот пакет удалить.
Как вариант, можно собрать пустой meta-пакет, который будет для себя требовать A и B. Тогда при удалении B этот мета-пакет будет удалён по зависимостям, а A - останется никому не нужным и будет предложен к удалению autoremove.

разворачивать преднастроенные сервера

Но зачем? Смените парадигму: не образы преднастроенных серверов, а автоматическая настройка всего нужного.
Chef/puppet/ansible/salt

Виртуализация. Через паравиртуализацию вы винду в качестве гостевой системы не запустите.

чтобы устройства подключались сквозь линукс сразу в виртуалку

Пробросьте целиком USB-контроллер в виртуалку. Гуглить PCI passthrough
Но для известных мне систем виртуализации при этом требуется VT-d (не путать с VT-x) или AMD IOMMU.
Все USB сразу не потеряете, хост-системе что-нибудь останется. На материнской плате как правило есть 2-3 USB контроллера. Посмотрите в lspci. Правда, какой физический порт к какому контроллеру относится - придётся проверять экспериментально.

0) делаете посекторную копию диска
1) пробуете банально TestDisk. Если больше ничего на диск не писали, восстановить таблицу разделов не так сложно, как ФС.