Melkij

Может быть документацию почитать? С чего вы решили, что fetch_row когда-либо вернёт двумерный массив, да и вообще будет возвращать больше одной строки результата за раз? Прямым текстом сказано:

Fetches one row of data from the result set and returns it as an enumerated array

И дальше в примерах показано как остальные строки прочитать.

Начните проверять свой код.
Где именно что-то идёт не так?
Запрос в базу формируется корректный? Выведите его. Посмотрите на него. Подумайте, почему он получился неверен.
Посмотрите, где потеряли часть данных. В вызываемом php скрипте? В ajax запросе? В js его формировавшем? Может быть в php скрипте, который выводит список? Или же сам HTML некорректен?

и проверяет работоспособность IP выбирая только 25 штук

Ну и где эта часть запроса?
Поправьте свой order by на сортировку по дате проверки. И будете получать записи проверенные наибольшее время назад.

Делаете бекап, конвертируете, проверяете.
Так-то триггеры живут уровнем выше storage engine и задеть не должны.

PS: и стоит ещё раз внимательно подумать, точно ли хорошая идея менять транзакционный innodb на какую-то кучу бинарного мусора. Если вы понимаете, что транзакционность - это не только про слова begin/commit.

Динамические (вычисляемые) колонки в mysql есть начиная с 5.7 ветки: https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/create-tab...

Бывают virtual - вычисляются при обращении, бывают stored - вычисляются перед записью и хранятся на диске.

Скопируйте весь /var/lib/mysql/ и запустите базу, лучше той же major версии, поглядывая за логом.

mysql давным давно умеет backward index scan.

select * from events order by event_date desc limit 10
select * from events order by event_date asc limit 10

Оба могут использовать индекс по event_date.

Начиная с 8.0 вы даже можете указать направление сортировки индекса и самостоятельно. ASC и DESC в определении индекса больше не игнорируются.

Версия PHP 5.13

Не существует такой.

mysql позволяет соединяться без указания имени базы данных. Имя базы данных можно выбрать позже.
pdo_mysql не ругается на неизвестные параметры в DSN.
У всех всё хорошо, а раз никто не кинул exception - то чего тут ловить try catch?

А ошибку вы получаете где-то дальше.

INSERT INTO `city` (`country_id`, `region_id`, `title`) VALUES (109, 0, 'Москва')

А вот если вы попробуете писать NULL вместо вот этого - то всё получится и именно так FK и работает, допуская использование NULL.

Сделайте какой вам нужно кеш самостоятельно.
Нет в mysql никакого кеша запросов. Серьёзно. Выключен в 5.7 и удалён в 8.0.

where plan_date_pay < coalesce(date_pay, now())

(select ... from tablename where id < 88 order by id desc limit 50)
union all
(select ... from tablename where id > 88 order by id asc limit 50)
order by id

Client does not support authentication protocol requested by server; consider upgrading MySQL client

Что-то непонятно в сообщении? Обновите клиентскую библиотеку.

Если речь о mysql 8.0 - то вторая возможность поменять default-authentication-plugin, который был в 8.0 изменён.

Оба конца должны быть с индексами.
Один хвост проверяется при вставке и изменении таблицы, чтобы поле ссылка вело куда-нибудь.
Обратная проверка выполняется при изменении/удалении из таблицы справочника, чтобы не удалить случайно строку на которую кто-то ещё ссылается.

innodb требует, чтобы индекс на referenced (на которую ссылаемся) табличке уже был. Индекс на табличке которой alter table делаем будет неявно создан если отсутствовал. Таким образом innodb требует наличие индексов на обоих концах FK.

mysql не умеет конвертировать значения при смене типа на несовместимый.
Поэтому необходимо добавить новое поле, обновить всю таблицу, удалить старое поле и переименовать новое в старое.

Для конвертации из числового unixtime в datetime есть подходящая функция FROM_UNIXTIME, поэтому обновление таблицы будет таким:

update tablename set new_datefield = FROM_UNIXTIME(old_int_unixtime);

Формат условия "функция(поле_таблицы) оператор" в принципе не может использовать индекс по этому полю. Если нет других селективных индексов - гарантированный fullscan.
Формат условия "поле_таблицы between ? and ?" - может использовать индекс.

Выводы?
3 диапазона через or или, возможно, эффективнее будет 3 union all в каждом по одному диапазону. Не помню насколько адекватно нынче mysql ведёт себя с or.