Как сделать снимок системы и перенести его на новые харды?

убунта... Покажите df -h - может у вас lvm собран и тогда простым pvmove можно переместить всё без простоя.

В чем ошибка при установки ноты?

Выведите stacktrace и смотрите, где у вас обращение к массиву неверное. Если трассировка выводит в библиотечный код - смотрите, почему вы неправильно используете библиотеку.

Как переписать длинный запрос MySQL на эффективный PostgreSQL?

Существовало, существовало. ltree в contrib вкоммитили ещё в 2002 году.

Почему не работает функция json_encode()?

Какая версия PHP?
Ну и в зависимости от дистрибьютива json могли вынести в отдельный пакет, как например в debian'ах: php5-json/php7-json/php-json в зависимости от релиза

Как ускорить запрос выборки геоданных в PostgreSQL?

Разумеется сообщение выше актуально, если count(*) сильно больше count(distinct company_id). Если много разных company_id и читать надо все company_id - то группировка всего будет эффективнее и выгоднее экстенсивно поднимать set local work_mem в этой транзакции (глобально не надо).

Как ускорить запрос выборки геоданных в PostgreSQL?

разница в том, что в одном случае надо просто искать ближайшие к точке, а в другом случае надо найти ближайшие для каждого из company_id

См. сразу же упомянутый мной lateral join. Если вы можете быстро найти ближайшего соседа для заданного company_id - вы совершенно так же можете быстро найти соседей для списка company_id.

почему PostGIS должен быть быстрее я не понимаю.

Потому что KNN по gist индексу отлично считается за один index scan (+ gist_btree для включения company_id в индекс). И да, кучка разных index scan может быть сильно быстрее одного fullscan. См. упомянутый мной же сразу loose index scan - просто потому, что оптимизатор postgres не умеет его делать автоматически.

Как ускорить запрос выборки геоданных в PostgreSQL?

Ближайшие записи к точке я могу по индексу искать, это у меня делается быстро относительно, а вот как быстро агрегировать и выбрать минимальное расстояние не знаю.

А в чём разница между найти ближайшего и найти минимальное расстояние?
Берёте список уникальных company_id (можно по loose index scan, если уникальных company_id нет в отдельной табличке, но уникальных их не слишком много относительно всей таблицы), затем делаете к этому списку lateral join коррелирующим подзапросом поиска ближайшего соседа с limit 1

Как правильно хранить таблицы для быстродействия?

Сначала "Подойдут любые варианты", потом чтобы пользователи могли сами ставить. А потом какие неожиданные требования добавятся? Портировать на sqlite?

Вычислительную производительность компилируемого C достать можно только другим C. Других вариантов нет.
join 49 таблиц - это факториал от 49 вариантов порядка объединения. Здесь один только планировщик будет думать над задачей дольше, чем скомпилированный C.
И уж тем более человек в попытке понять, что же вы там пытаетесь посчитать.

Как можно отправить левый запрос в базу mysql?

spacenear, ремарка про https относилась именно и только к набиранию запроса полностью руками фактически на голых сокетах. Просто потому что шифрование руками набирать неудобно.
Что угодно чуть-чуть повыше уровнем, что возьмёт tls уровень на себя - и можно снова общаться с сервером даже руками набирая запросы.
А уж если взять что-то для этого предназначенное как тот же curl - то вообще элементарно.

Как можно отправить левый запрос в базу mysql?

spacenear, берёте curl и делаете абсолютно любой запрос. Да хоть руками вбить через netcat или telnet, если там простой http, а не https. Да, так можно. На любой url можно прислать любой запрос и только бекенда дело, что при этом случится и как понимать, что запрос пришёл ошибочный.

Как можно отправить левый запрос в базу mysql?

spacenear, можно вообще не выполнять js, а только отправить запрос на добавление результата.

Как реализовать отношения?

GutOf, а решений всегда может быть много. В этом как раз и есть задача разработчика - угадать вектор дальнейшего развития и использования системы и соответственно этому выбрать решение.

Текст в первичном ключе и его переиндексация?

Анатолий Сидоров, да, RAM.
Для RAM вроде ничего лучше memtest (на сутки) пока не было
Диски - вопрос интереснее. Наверное badblocks в пишущем режиме будет достаточно. Но сначала память проверить.

Почему Float PHP некорректно обрабатывает разряды выше E+15?

Возьмите какое-нибудь другое float число схожего порядка и получите другой хвост за значащими разрядами. Этот хвост не имеет значения.

т.е. 10799141199215210000 хранится как 1.07991411992152E+19?

Сюрприз: нет. В мантиссе (52 бита всё-таки) для вашего числа хранится что-то вроде 1708452349166847 и читается способом вроде вот такого: +1 * pow(2, 1086-1023) * 1.1708452349166847
Потому что формат с двоичным основанием.

Читайте IEEE 754 или его многочисленные объяснения, пригодится однозначно, хотя бы чтобы не пытаться в нём деньги считать.

Почему LONG странно себя ведет?

Ещё раз напишу: нет в php типа данных long. А если говорить в терминах C - то для long гарантированы минимум 32 бита, а не 64.
Если вы пользуетесь терминологией java - то я вас просто не пойму, т.к. не знаком с особенностями этого языка (кроме склонности jvm использовать много памяти).

В PHP при числовом переполнении будет осуществлено приведение типа до float, т.к. терять значение считается языком более нежелательным, чем потеря точности.

Почему LONG странно себя ведет?

Какая версия PHP, операционная система и разрядность ОС?
Как минимум в PHP нет типа данных long. Есть только int, размер которого зависит от факторов указанных строкой выше.

Ошибка в запросе к базе данных?

ммм, а в каких в принципе случаях может быть истинно ваше условие? Когда дата X может быть больше или равна этой же самой дате X + 7 дней?

Пропадает интернет после подключения нескольких ПК. Почему?

Начните с рисования структуры сети. При том не со слов кого-либо, а проверяя, что так в действительности и скоммутированы линии и настроено оборудование.
А может и вообще с теории сетей и маршрутизации. - потому что описания "дают доступ в интернет" и "интернет падает во школе" никуда не годится. Как дают? Что после этого происходит в сети? Где пакеты пропадают?

Как красиво обновить массив boolean (флагов)?

Поправьте теги вопроса. В упомянутом в тегах mysql например нет ни массивов ни даже bool как такового.

Как правильно составить запрос для взятия первого значения из группы?

Вот loose index scan вручную делать надо только с пониманием, что, где и как именно хотим достать и какие исходя из этого индексы требуются. Т.е. сначала решаем, по каким индексам будет запрос работать хорошо и потом пишем запрос именно для этого поведения, а не как обычно, когда сначала пишется запрос для получения нужных данных и потом смотрим на реальных данные какие для него нужны индексы.
Обычно в такие дебри залезаем в попытке ускорить то что уже есть и где возможно переписать запрос радикально. Без индекса, под который запрос строился - результат наверняка будет крайне плачевным. Рекурсивные запросы вообще неплохо могут выстрелить в ногу.

Кстати, вот презентация по нескольким переосмыслениям запросов от моего коллеги и руководителя: https://pgday.ru/presentation/232/5964945ea4142.pdf (запись доклада конференции в свободном доступе к сожалению не опубликовано)