Ну смотрите если у вас php, apache, nextcloud + mysql
то у нас важные данные:
база данных (там лежат настройки и служебные вещи nextcloud)
файлы самого nextcloud (файлы сайта)
файлы пользователей nextcloud (их фотки, файлы и тд)
настройки apache и php
для спокойного сна вам нужно регулярно бекапить данные пользователей и базу данных
файлы самого nextcloud и настрйоки apache+php опционально (например бекапить каждый раз перед обновлением версии)
все остальные файлы на сервере бекапить особо смысла нет.
Посмотрите на nice и ionice
эти утилиты позволяют понизить приоритет использования цпу и дисковой подсистемы процессу во время запуска или уже после того как он был запущенн.
такой скрипт должен:
1 смотреть какой хард живой
2 копировать с него разметку на новый
3 расширять массив до 3х дисков
4 добавлять новый диск как спару
работы на пол часа - час. tremo0880 какой из пунктов вас смущает ?