Владимир

Так как у вас есть отдельный пользователь для этого то вы можете в /etc/aliases добавить строку вида
username: "|/usr/local/bin/processmail.php"
таким образом тело письма со всеми хедерами для пользователя username отправится через пайп скрипту /usr/local/bin/processmail.php

Несовсем ясна ваша схема, и чего вы опасаетесь.
И если exchange отправляет/принимает письма напрямую (не через какойто релей) то его реальный ип в хедеры запишут сервера принимающие почту от него и с этим вы ничего не сделаете, Также его ип будет в MX записи вашего домена.
если же у вас есть промежуточный релей или nginx как прокси, то вы фаерволите ваш exchange от внешнего мира и с ним общается только релей.

Большинство рейтлимитов работает обчно через базу -
при отправке проверяется кол-во отправленных за последний час, если нет превышения - отправляем и инкриментим количество, если текущий час != час который в базе обнулить счетчик и записать.
также нужно решить что делать если лимит превышен (не отправлять вобще, ставить в очередь и что делать если очередь все время растет)

можете конечно поднять, но в заголовках письма это будет выглядеть что это письмо было в очереди этого сервера с 15го года и потом он вдруг решил его доставить, и доставилось сегодня, но многие почтовые клиенты берут дату из тела письма так что отображатся в клиенте оно будет как старое, хотя и не прочитанное.

Вот ребята очень неплохи, пользуемся в проде уже несколько лет https://www.spamexperts.com/services/incoming-filtering

используйте утилиту hostnamectl для установки корректного FQDN хостнейма, потом перезапустите екзим.

1 проверить свой почтовый сервер на наличие там open relay, если есть- чинить/устранять.
2 если в абузе указаны сайты которые поинтят на ваш ип. если они у вас есть то их нужно удалять.