Владимир

План переезда по личному опыту - я возил 3 раза большие базы zabbix в mysql от 300гб и больше.
1 Устанавливаете zabbix и mysql идентичных версий на новом сервере
2 останавливаете zabbix на новом сервере
3 при помощи percona-toolsделаете бекап базы и везете его на новый сервер
4 поднимаете mysql репликацию с старого на новый
5 добавляете хостнейм/ип нового сервера в конфиги всех агентов
6 стопаете myql и заббикс на старом
7 убираете репликацию на новом
8 запускаете заббикс на новом
9 убираете ип старого на всех агентах
Итого даунтайм не больше 5 минут.

1 iostat.discovery вобще не запускает какой либо скрипт а просто выполняет набор команд указанных в iostat.conf.
2 при опросе итемов запускается /usr/libexec/zabbix-extensions/scripts/iostat-parse.sh - открываете его и смотрите в каком месте выдается ошибка "FATAL: datafile not found" дальше ищете что же у вас не так.