MazAlVlad

для начала ==True или ==False излишние проверки
потом есть функции any и all которыми можно заменить проверку if (End_a[0]==True ...

#End flags
    End_a=

- все это можно заменить на словарь листов или совсем убрать этот список, а просто считать количество обработок, и сравнивать их с длиной списка.
Также можно заменить списки count_a...

И в целом кажется не нужен тут двойной цикл.
Вы бы лучше нормально задание написали, что за чем и почем надо сделать

for j in range(5):              
            if End_a[j]:
                End_a[j],Count_a[j]=any_func(End_a[j],VALUE,a[j],Count_a[j])
if End_a[0] and End_a[1]...

Как минимум это