Такая же проблема была с Windows 7 после смены материнки и процессора (fx-8300 + mb ASUS m5a97)! Перезагрузка работала нормально, а вот с выходом из гибернацию проблема.. комп подвисал в момент появления эмблемы винды, еле заметно загоралась лампочка и минуту или две тормозило, потом ярко загоралась лампочка hdd и загрузка за пару секунд в нормальном режиме. Стоит ssd под систему.
Обновление драйверов, Биоса не помогло. На Windows 8.1 и Windows 10 такой проблемы нет.
Долго мучался, в итоге перешёл на 10ку!