Если у вас есть цель написать собственные процедуры подписи данных и проверки подписи, тогда вы сами решаете, в каком формате вам хранить ключи. PEM это BASE64. Можно спокойно передавать по сети.
Обычно из публичного ключа все-таки делают сертификат, хотя-бы самоподписанный. И далее включают в проект необходимые PKI библиотеки.
