Максим

А SQLite разве не имеет оперотор in?
проверьте как in работает если один из Parent будет null. (рекомендация если не знаете)
user.id in (Children.Parent1, Clildren.Parent2)

По просьбе Bavashi вывожу решение в отдельный ответ:

select store, bill_number, sum(case product when  'Accessory' then quantity else 0 end) quantity
from table_name
where product in ('Flower', 'Accessory')
group by store, bill_number 
having count( distinct product) = 2