если я Вас правильно понял, то надо удалить все записи в таблице clans, для которых лидеры отсутствуют в таблице игроков
для этого логично использовать LEFT JOIN
список лидеров, у которые отсутствуют в списке игроков
SELECT c.leader FROM clans c LEFT JOIN clan_players cp ON c.leader = cp.name WHERE cp.name IS NULL;
проверяйте, если все ок - дальше все просто
DELETE FROM clans WHERE leader in (SELECT c.leader FROM clans c LEFT JOIN clan_players cp ON c.leader = cp.name WHERE cp.name IS NULL);