MatrikLog

Не надо никаких data-атрибутов. Передавайте эти id в properties (второй параметр конструктора) placemark'ов, при клике получайте:

e.get('target').properties.get('имяСвойстваСодержащегоId')

Ну а что до показанного вами кода...

• Почему в шаблоны placemark'ов зашивается id? Неужели вы до сих пор не в курсе, что id должны быть уникальны? Кстати, поэтому у вас и "выводит всегда 1" - ищите элемент по id, вот и получаете всегда первый из созданных.
  
• Зачем вообще понадобилось искать элемент и читать data-атрибут, значение которого вам и так доступно внутри обработчика (shop.id)?
  
• Создавать отдельный layout под каждый placemark не надо. Вынесите создание layout'а за пределы цикла. Если надо передавать в шаблон какие-то уникальные значения, то их опять же можно подтянуть из свойств. Как бы это выглядело для вашего data-атрибута:
  
  

  <div data-id="{{ properties.имяСвойстваСодержащегоId }}">

  
  Также не надо создавать отдельные функции, назначаемые в качестве обработчиков клика - создайте один обработчик за пределами цикла (да, достать id из shop после этого уже не получится, как было сказано в начале - передавайте его через properties).
  

Да, delete будет мутировать стор.

проще всего сделать поверхностную копию объекта и уже из неё удалить:

if (state.key[objKey]) {
  const copy = {...state.key};
  delete copy[objKey];
  return { ...state, key: copy };
}