1. Делай редирект в файле .htaccess:
RewriteEngine On
RewriteCond %{SERVER_PORT} !^443$
RewriteRule .* https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
2. В вебмастере Яндекс: Индексирование -> Переезд сайта -> Выбрать домен и поставить галочку "Добавить HTTPS".
Можете еще директиву Host вписать в Robots.txt
Так же как вариант на каждой странице сайта (если их не много), прописать:
<link rel="canonical" href="https://mysite.ru"/>
Где за место
https://mysite.ru , укажите ссылку на страницу для которой, он прописывается. Указывается в HEAD где нибудь возле метатегов title, description и keywords.
У меня обычно все три способа использую, но как говорит практика для Яндекса достаточно указать в вебмастере и host прописать.
