PPPoE в настройке и использовании банально проще. Безопасности этот тип подключения вам никакой не убавит и не прибавит, это просто тип авторизации. Что раньше у вас была доставка l2 сегментом траффика до браса (маршрутизатора, авторизующего для выхода в интернет и служащего шлюзом), что сейчас останется. Меняется только метод авторизации, исключающий возможные пляски с бубном при эксплуатации l2tp.