скачиваются зависимости,
почему вы боитесь лишних файлов? Если они нужны и задействованы, то будут работать, если не нужно -- не будут работать
Если не нравится как работает пакет, сделайте форк, очистите от подозреваемых папок, соберите из него свой пакет и ставьте уже его
только нужные файлы и складывались в нужные папки?
ну вы можете скачать часть файлов просто без композера, и вставить их в свои папки
Composer — это стандарт, который описан в файле composer.json, все пакеты скачиваются в vendor и туда же складываются все зависимости, состав файлов регулируется составом пакета, который в репозитории находится... все жестко, но вы можете не использовать его, либо переделать пакет под себя и использовать уже свой.
Пример:
1. для одного задания мне нужен был парсер видео,
2. выбрал этот:
https://github.com/ricardofiorani/php-video-url-parser
но в нем не было работы с Rutube и не хватало кое-чего именно мне по работе с youtube
3. сделал его форк:
https://github.com/Maksclub/php-video-url-parser
4. добавил в него свой адаптер
5. сделал из него свой композер-пакет:
https://packagist.org/packages/maksclub/php-video-...
6. использовал уже его в своем тестовом задании
в вашем случае можно сделать очистку, а не добавление функционала, как в моем случае
*прошу прощения, если код не очень хороший — еще учусь 
