Потому, что когда IDEA запускает программу, она контролирует наличие в CLASSPATH всех необходимых зависимостей. Когда вы запускаете, это придётся делать вам самому.
Обрабатывайте просто тачи по активти. Преобразование координат для выяснения попали в область или нет придется делать самому.
Еще лучше - пахнет у вас какой то игрой - заюзать хотя бы Canvas.
