Проблему решил.
Дело было в Bitrix CMS, а именно нашел функцию SessionTable::lock, которая шлет запросы GET_LOCK("***", 60) в базу, х.з зачем и как, но переписал часть кода на чистом php и зависаний пока нет.
Еще раз спасибо!
Олег, mysql свободна, но через консоль в момент зависания заметил через show processlist резкий скачок запросов, обычно 2-5, а было 40, причем большинство типа SELECT GET_LOCK("17df945e1673cfd39566e064e4af1f6c", 60), х.з. что это возможно Bitrix что-то делает
через cron file_get_contents качаются скрипты метрики и аналитики, чтобы настроить время кеширования через сайт.
Но сами понимаете, что эти скрипты доступны всегда, проблем с их загрузкой нет. Тем более в лог бы попали ошибки, а там пусто.
Насчет загрузки диска, смотреть по iotop в момент зависания <5%
Нагрузку обычно смотрю через top - ничего лишнего нет в момент зависания, обычно:
mysqld, rcu_sched, searchd, memcached, nginx, systemd, systemd-journal
а load average показывает значения меньше 1
Единственная странность отсутствие или наличие только 1 процесса httpd
Дело было в Bitrix CMS, а именно нашел функцию SessionTable::lock, которая шлет запросы GET_LOCK("***", 60) в базу, х.з зачем и как, но переписал часть кода на чистом php и зависаний пока нет.
Еще раз спасибо!