Добавление элемента происходит не мгновенно, а с задержкой. Нужно добавить паузы между проверками или лучше всего использовать:
navList.classList.toggle("class-to-toggle", condition);
Здесь condition играет роль контролера: если true, то класс добавляется, а если false, то удаляется.