Sublime text - замечательная штука, можно сделать полноценные IDE хоть для всех языков программирования.

Вся настройка сводится к установке Pasckage Control и расширеия SublimeREPL, созданию new build sustem, c содержанием

{
"target": "run_existing_window_command",
"id": "repl_python_run",
"file": "config/Python/Main.sublime-menu"
}

И редактированием файла "config/Python/Main.sublime-menu" в дирректории в зависимости от системы

Если виндовс то:
C:\User\Пользователь\AppData\Roaming\Sublime Text 3\Packages\User\SublimeREPL-python.sublime-build

Линукс:
/home/Пользователь/.config/sublime-text-3/Packages/SublimeREPL/config/Python

Участка кода:

{"command": "repl_open",
"caption": "Python - RUN current file",
"id": "repl_python_run",
"mnemonic": "R",
"args": {
"type": "subprocess",
"encoding": "utf8",
"cmd": ["python3", "-u", "-i", "$file_basename"],
"cwd": "$file_path",
"syntax": "Packages/Python/Python.tmLanguage",
"external_id": "python",
"extend_env": {"PYTHONIOENCODING": "utf-8"}
}

Тоесть по сравнению с исходным, разница будет только в строчке
"cmd": ["python3", "-u", "-i", "$file_basename"]