Вы (как и многие другие) не понимаете, что в отличии от Apache в nginx разные location не «складываются». И как только случился внутренний редирект, nginx тут же забыл, что в /api был свой root
Виктор, никак. Файлы в проде изменяются только новой выкладкой. Точка.
Если же они таки по какой-то критической необходимости меняются руками, то это не проблема git, а задача того, кто меняет прод внести соответствующие изменения и в git
Вы точно запрашиваете файлы в том же регистре?