С точки зрения производительности встроенные модули всегда отдаются из кеша.
Я бы оставил всё как есть исходя из принципа наименьшего удивления. Любой человек знакомый с нодой однозначно понимает что значит fs = require('fs') в отличии от какого-нибудь fs = require('../myglobals.js').fs
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%90%D0%BB%D0%B3%D...