> эти файлы перенесены с диска ntfs
Значит этот диск был примонтирован неправильно.
Теперь нужно просто поправить права на перенесённых файлах (man chmod) и перестать страдать.
И в будущем монтировать диск ntfs с опцией noexec что бы такого больше не повторялось
В первую очередь стоит выяснить, почему у них стоит флаг «исполняемый» и исправить это. В норме у таких файлов нет этого флага и всё работает как надо.