Keyn Din

Думаю, не стоит ставить java на пути от fb2 к html, а лучше делать это средствами xslt трансформаций.
+ не нужны библиотеки, все есть в стандартной библиотеке
+ минимум необходимого кода
+ разделение кода от форматирования
+ замена шаблона "на лету", без перекомпиляции
+ много готовых xslt-шаблонов, для данной задачи, в т.ч. и на офсайте.
+ язык трансформаций наиболее логичный для данной задачи

- сами трансформации ресурсоемки, не подходят для генерирования html в реальном времени
- скорее всего, придется минимально изучить этот язык разметки.

ссылки по теме:
Any2FB2
fb22htmls.xsl
еще схемы

ну и на закуску, сниппет конвертирования:

// ...
import javax.xml.transform.dom.DOMSource; 
import javax.xml.transform.stream.StreamSource; 
import javax.xml.transform.stream.StreamResult; 
// ... 

public class Stylizer {
    // ...
    public static void main (String argv[]) {
        // ...
        try {
            File stylesheet = new File(argv[0]);
            File datafile = new File(argv[1]);

            DocumentBuilder builder = factory.newDocumentBuilder();
            document = builder.parse(datafile);
            // ...
            StreamSource stylesource = new StreamSource(stylesheet); 
            Transformer transformer = Factory.newTransformer(stylesource);
        }
    }
}

взято из оф.туториала