Aristokrat- govno na rukave

Я бы на вашем месте попробовал на одном из разделов и смотрел по ситуации (неплохая идея с частью раздела) - но скажу по своему опыту "делали нечто подобное с сеошником старовером, тот склонялся к такому же обычаю что и вы (про ноиндекс итд)"
- "в карточке товара закрыли в ноиндекс некоторые блоки.
-в таком положении раздел находился пол года
- итог эксперимента - понижение трафика на странице(ах) "не сильное (незначительное).. примерно 1-2,5% - это общий по разделу "исключая сезонность и другие факторы.
Вывод: сеошник старовер наложил в штаны с этой теорией. мы отказались от метода...,
но вполне возможно алгоритмы сейчас посмотрят на это по другому, "как положительно" так и отрицательно. "

как по мне тема для эксперимента и обсуждения интересная. можно дискутировать

Можно спокойной вести директ , с одного аккаунта "нейтрального" никаких проблем не будет.
А вот с поиском Яндекса и гугла, нужно быть осторожней в вашем случае.
Ну думаю вы в курсе, так как не ознакомившись с "правилами" делать два сайта "клона" весьма наивно. )

на счет ключевых слов и продвижения сайтов по ним, можно делать теме же. но ни кто не запрещает и продвигаться по другим. Зависит от ваших целей.
Удачи в делах.

"Город в title"
Конкретного ответа нет на самом деле на такой вопрос.
Я например не везде указываю, точнее употребляю в тех случаях если читается "по человечески" а не коверкает тайтл. ". Вообщем не так сильно парюсь над этим вопросом.
Сейчас тем более свирепствуют пф, и там вот стоит "парится".

Конкретно про ваш случай... если вы расширяете региональность слишком широко, тогда не стоит.
"привязка в вебмастере"
Привязка к городу обязательна конечно.