Предполагаю, что серверная сторона у вас всё-таки есть.
Правильно, чтобы этот js создавал iframe указывающий на ваш сайт и размеры фрейма.
Это даёт: возможность получать статистику по пользователям (сколько страниц посещено, какие, какой приток посетителей, увидевших баннер), простую заменяемость (содержимое фрейма легко может быть заменено на другой баннер централизованно). Так же используя разный URI доступа к своему ресурсу вы можете передавать нужные вам данные (параметры страницы, и т.д.). Устанавливая пользователям куки вы получите отслеживание помимо действий на сайте с баннером, ещё и на смежных сайтах, где есть ваши баннеры. И это будет полезно при анализе поведения пользователей.
Итого: нужен js, генерирующий URL и создающий iframe с указанными размерами и сгенерённым URL.