1. Я не знаю что есть Android studio и при чем тут app.iml
2. Тем не менее есть один нюанс который мог произойти:
Вы используете в разработке несколько веток, и ваш коммит относиться к ветке, которая на данный момент не выбрана по умолчанию для отображения.
