Подскажите, какие проблемы с сетью реально встречаются на практике, которые можно обнаружить и решить таким способом?
Проблем много и разные.
Касательно неправильного порядка доставки TCP-пакетов, то такое возможно при балансировке нагрузки на несколько каналов, которые работают с разной скоростью.
Или, например, при использовании в сети шифрования, видел такое на Dionis DPS, из-за распараллеливания расшифровки.
BPF ничего не решает, только помогает обнаружить. Насколько BPF позволяет легче диагностировать трудно сказать.
Может, что-то можно эмулировать на виртуалках?
А зачем? Есть же tc, с возможностью эмуляции различных сетевых проблем.