Первое - разделите вопросы. :)
Мониторинг чего Вы хотите производить. Мы пользуемся Nagios. Всё зависит от того, сколько вы сил вложите в конфигурирование мониторинга. Много и с умом - всё будет прекрасно. Мало и не планируя - даже самая крутая система себя не оправдает.
По поводу вирусов, попадающих на сайты, попробуйте классический траблшутинг:
1. Каковы причины появления вирусов?
2. Можно ли полностью или частично исправить ситуацию?
3. Какие есть методы (регулярная проверка, мониторинг изменений, ограничение доступа на создание файлов и т.д.)?
Как-то так.
