К сожалению, в API Коннекта пока нет возможности управления DNS (на 16 февраля 2019).
Разработчики уже знают о пожелании пользователей добавить эту функцию и работают над этим вопросом. Конкретных сроков её появления, увы, нет.
Пока что можно попросить поддержку яндекса вручную перенести домен обратно с коннекта на Почту для домена.