Всё, что было в прошлом, пусть там и останется. Об этом не нужно знать налоговой.
Сейчас поступаете так:
1. Открываете ИП
2. Оформляете патент
3. Переделываете договор, чтобы дата начала была не раньше даты открытия ИП. Договор соответственно будет уже не с вами лично, а с вашим ИП.
4. Со следующего платежа начинаете работать в белую. Т.е. деньги переводят вам на р/с, показываете договор и инвойс в валютный контроль. На любые вопросы отвечаете, что это первый платёж по данному договору.