На вкус и цвет все фломастеры...
Каждый разработчик юзает свое и будет гнуть свою линию.
Могу сказать по тем CMS что юзал.
Joomla - "кривое" портирование шаблонов. Шаблоны сильно привязаны к архитектуре самой джумлы. А из плюсов - дикое количество готовых плагинов и шаблонов. API для написания своих плагинов заморочен.
WordPress - вобщем-то страдает такими же болезнями, но в меньшей степени.
MODx - в конце концов перешел на него. Обладает очень качественным с моей точки зрения шаблонизатором и позволяет натянуть по факту вообще любой шаблон на себя. По меркам джумлы меньший список плагинов, но все необходимое присутствует, да и API адекватен.