Миллион - не так много. Хотя от записей конечно зависит...
Можно в принципе и Insert'ом запихнуть, но вообще быстрее всего конечно из дампа (хотя в дампе зачастую тоже SQL).
Многие базы нативно поддерживают JSON. Кроме того тот же MYSQL поддерживает Xml (в него не сложно конвертнуть JSON, можно делать выборку обычным селектом).
Когда это актуально, проще сделать отдельное поле предку, типа boolean -> del_status (ну или в таком духе). Ну и собственно ничего не удалять, а лишь исключать из выборки.
Либо писать запрос, который устроит массовы "Холокост" детям.
Выглядит как микроскоп, поглядывающий на гвозди...
Я бы на вашем месте посмотрел бы просто на Excel, Access, что-то из LibreOffice, если прямо Веб надо, то Google Docs (там кстати тоже аналоги MS Office).
В CMS с которой я иногда работаю реализуется XML'ем. Поля, которые не нужно искать хранятся в поле content и парсятся через extractvalue. Т.е. все поля , в том числе разноязычные версии. Также можно парсить уже на php или вообще на клиенте.