1. Сервер: Tomcat или Jetty;
2. Библиотеки: Spring MVC/Rest, JdbcTemplate/MyBatis/Hibernate;
3. Разметка - Twitter Bootstrap, Foundation;
4. Страницу формировать с помощью JSP с подготовленными данными для графиков и инициализировать их (графики) в браузере. Либо делать SPA, а данные отдавать через REST-контроллеры Spring;
5. Графики:
HighCharts или
Google Charts. Это JavaScript-библиотеки, работающие в браузере.
PS: Tomcat - java-сервер де-факто, который потянет и простое web-приложение и кровавый энтерпрайз. Spring - покроет любые потребности при построении backend-а, Hibernate и MyBatis - опять же де-факто, для склеивания Java-объектов и БД.
PS2: Если c HTML и JS совсем плохо, то можно взять
Vaadin и выкинуть Spring. Пару часов чтения туториалов хватит, чтобы построить полноценное web-приложение на одной только Java.
